En el episodio final de The Bad Batch vemos al escuadrón escaparse, corriendo por las instalaciones para refugiarse mientras estas se hunden, pero en un momento Omega, Crosshair y AZI se separan del grupo.
AZI y Omega intentan ayudar a Crosshair, quien se encuentra desmayado y atrapado entre los escombros mientras el cuarto se inunda. Luego de que la niña lo logre, el escuadrón abre una puerta y rescatan a los tres antes de que el salón se llene de agua.
El grupo termina llegando a su antiguo cuarto, el cual resulta ser el lugar más seguro de las instalaciones, pero Crosshair se enfrenta a Hunter y le dice que todos van a morir porque fracasó como líder.
Omega descubre que las instalaciones cayeron sobre el túnel submarino que los llevó a la ciudad, así que propone usarlo para llegar a la nave. AZI hace un agujero para que puedan descender, pero Crosshair cuestiona el plan, así que Wrecker discute con él y luego Tech le dice que es duro e inflexible y que nunca va a cambiar.
Mientras caminan, el equipo se encuentra con un monstruo submarino gigante que quiere destruir el túnel y, debido a que no hay energía para que los proteja, AZI genera un cortocircuito para que la bestia se electrocute y se vaya.
El túnel los lleva al laboratorio de NalaSe, y allí le cuentan a Crosshair que Omega estuvo ahí cuando manipularon sus genes y que, técnicamente, ella es mayor que ellos. Además, descubren que la otra parte del túnel está destruida, así que deben pensar en otra forma para salir de allí.
Crosshair vuelve a cuestionar el plan de Omega y la culpa por no poder salir, pero Hunter la defiende. Cross le dice a su ex compañero que eligió mal, que el Imperio va a controlar toda la galaxia y que él va a ser parte de eso. A lo que el líder de la Fuerza Clon 99 responde que no se engañe porque para el Imperio él siempre será un número.
Cuando Crosshair se aleja del grupo, Omega se acerca a él y le cuenta que estaba sola hasta que los crearon, por eso los quería encontrar. Cross le contesta que ser un clon no la hace uno de ellos, y finalmente ella le comenta que quería creer que fue el chip era el culpable de su accionar, pero se equivocó.
Mientras tanto, el Bad Batch tiene la idea de usar las cápsulas médicas del laboratorio para poder flotar, pero como no podrán maniobrar y esquivar los escombros, AZI debe guiarlos hasta la superficie.
La Fuerza Clon 99 usa los explosivos para romper el vidrio del laboratorio y AZI comienza a ayudarlos a que esquiven los escombros, pero uno de ellos golpea la cápsula de Omega y hace que se hunda.
AZI consigue retirar el escombro de encima de la cápsula, pero antes de llegar a la superficie se le agota la batería, así que Omega le informa a Hunter lo que pasó y salta para salvarlo. Sin embargo, le es imposible nadar tantos metros, así que Crosshair utiliza su arma para disparar un gancho que los salva.
Una vez en tierra firme, Hunter le da la oportunidad a Crosshair para que se una a ellos, pero él lo rechaza. Posteriormente, Omega le agradece por salvar a AZI y le dice que sigue siendo su hermano.
Por último, en la escena final vemos a Nala se llegar a una de las instalaciones del imperio, donde una de las científicas le dice que tienen grandes planes para ella.